Die Sojabohne zählt zu den Hülsenfrüchten und als Allergen klassifiziert. Besonders bei familiärer Vorbelastung mit Asthma raten Ärzte vom Sojakonsum ab. Eine Sojaallergie betrifft vor allem Kinder, ihre Häufigkeit ist in den letzten Jahren um das Fünffache gestiegen.
Historisch gesehen wurde in Asien Soja bis auf wenige Ausnahmen nur in fermentierter Form genossen. Die Fermentation dient dabei nicht nur dem Haltbarmachen und der geschmacklichen Veränderung, sondern auch dabei, schädliche Stoffe, die den Darm und das Immunsystem Reizen abzubauen.
Soja enthält Phytoöstrogene, das sind pflanzliche Stoffe, die an Östrogenrezeptoren in Leber, Hirn und Geschlechtsorganen andocken und so eine hormonähnliche Wirkung entfalten. Darin wurde früher das Potenzial gesehen, bei Frauen in den Wechseljahren den abnehmenden Östrogenhaushalt auszugleichen und auf diese Weise Osteoporose vorzubeugen. Es spricht aber viel dafür, dass häufiger Sojakonsum – also hohe Dosen an Phytoöstrogenen – den Hormonhaushalt eher durcheinanderbringt als diesen zu stabilisieren.